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Microbiome · Science du sport · 2026
Votre intestin est
un organe de performance
Les athlètes de haut niveau abritent des microbiomes distincts qui améliorent la production d'énergie, réduisent l'inflammation et accélèrent la récupération. Il ne s'agit pas de spéculations liées au bien-être, mais de la pointe de la science du sport. Voici ce que dit la recherche.
Mai 2026 · 14 min de lecture · Sources évaluées par des pairs
Le microbiome intestinal n'est pas une tendance bien-être. C'est un organe.
L'intestin humain abrite environ 100 000 milliards de micro-organismes — bactéries, champignons, archées et virus — représentant une bibliothèque génétique combinée 150 fois plus vaste que le génome humain. Cet écosystème, connu sous le nom de microbiome intestinal, n'est pas un résident passif. C'est un système métaboliquement actif, hormonalement communicatif et immunologiquement central qui influence presque tous les processus physiologiques pertinents pour la performance athlétique.
Il synthétise des vitamines. Il produit des acides gras à chaîne courte (AGCC) — notamment le butyrate, le propionate et l'acétate — qui servent de carburant aux cellules intestinales, de substrats énergétiques systémiques et de signaux anti-inflammatoires. Il module l'activation immunitaire. Il communique avec le cerveau via le nerf vague, le système nerveux entérique et les métabolites circulants. Et il réagit directement à la charge d'entraînement, à l'alimentation et à la récupération — ce qui signifie qu'il fait, au sens propre, partie de votre adaptation à l'entraînement.
Frontiers in Sports and Active Living — Revue systématique, 2025
Le microbiome intestinal représente un écosystème clé influençant la performance athlétique par la modulation du métabolisme énergétique, la régulation de la réponse inflammatoire et l'optimisation de la récupération chez les athlètes de haut niveau. La revue a identifié des modèles récurrents dans la réponse du microbiome aux modalités et intensités d'entraînement, ainsi que des corrélations directes entre des profils microbiens spécifiques et des indicateurs quantitatifs de performance, notamment la puissance, l'endurance et le temps de récupération.
Ce qui rend le microbiome intestinal particulièrement fascinant pour les athlètes, c'est qu'il est hautement malléable. Contrairement à la génétique, il réagit à l'entraînement, à la nutrition, au sommeil et au stress en quelques jours ou semaines. Cela signifie qu'optimiser la composition intestinale est une variable de performance modifiable — une variable que la majorité des athlètes et des entraîneurs n'ont pas encore abordée de manière systématique.
À quoi ressemble l'intestin des athlètes de haut niveau — et pourquoi cela compte
La recherche montre systématiquement que les athlètes de haut niveau possèdent une composition de microbiome mesurablement différente de celle des individus sédentaires — et que bon nombre de ces différences se traduisent directement par des résultats en termes de performance. Les différences ne sont pas superficielles. Elles reflètent des capacités métaboliques microbiennes distinctes qui influencent la production d'énergie, le métabolisme du lactate, l'inflammation et la disponibilité des acides aminés.
Une analyse multi-omique de 2025 sur des haltérophiles d'élite a révélé que leurs microbiomes intestinaux étaient enrichis en voies de biosynthèse des acides aminés — en particulier pour les acides aminés à chaîne ramifiée (BCAA) — favorisant la synthèse protéique musculaire et les adaptations en force. En revanche, les cyclistes d'élite présentaient une plus grande représentation des voies métaboliques des glucides et des acides gras, notamment une production accrue d'AGCC cohérente avec un métabolisme oxydatif supérieur. Le microbiome intestinal semble s'adapter aux exigences métaboliques du sport dans lequel il est intégré.
Li et al., Nutrients — Octobre 2025 (revue multi-omique)
Des taxons microbiens clés — notamment les producteurs d'acides gras à chaîne courte, les utilisateurs de lactate et les fermenteurs de glucides — ont été liés à une endurance accrue, une réduction de l'inflammation et une meilleure récupération. Une plus grande diversité microbienne chez les athlètes était associée à une composition corporelle et des profils métaboliques plus sains, suggérant que la richesse microbienne favorise des résultats favorables en matière de composition musculaire et corporelle.
Une activité physique modérée ne suffit pas à produire les changements microbiens distinctifs observés chez les athlètes de haut niveau. Des recherches de PMC (2025) ont révélé que ce sont de longues périodes d'entraînement intense et discipliné — combinées à une alimentation de haute qualité — qui confèrent au microbiome son caractère athlétique unique. Il s'agit d'une découverte significative : le microbiome intestinal reflète la qualité de l'entraînement, et pas seulement le niveau d'activité.
Une étude historique de l'Institut Wyss de Harvard — publiée dans Nature Medicine — a analysé les microbiomes des marathoniens du marathon de Boston 2015 avant et après la course. L'étude a révélé une augmentation significative après la course des espèces Veillonella et Prevotella, liées au métabolisme du lactate et à l'utilisation des substrats énergétiques. Surtout, lorsque les chercheurs ont isolé Veillonella atypica et inoculé des souris avec celle-ci, les souris ont montré une amélioration de 13 % de leur performance de course sur tapis roulant — établissant un lien causal direct entre un microbe intestinal et la production athlétique.
Les microbes les plus importants pour les athlètes
Convertit le lactate produit par l'exercice en propionate (un acide gras à chaîne courte), fournissant une source de carburant supplémentaire et réduisant l'accumulation de métabolites de fatigue. Significativement élevé chez les athlètes d'endurance d'élite après l'exercice. Actuellement développé comme supplément probiotique ciblé.
L'une des bactéries les plus abondantes et étudiées dans l'intestin humain sain. Un producteur majeur de butyrate et un puissant agent anti-inflammatoire — une abondance réduite est associée aux maladies inflammatoires de l'intestin, à l'inflammation systémique et à une intégrité compromise de la barrière intestinale. Plus faible chez les athlètes surentraînés.
Maintient l'intégrité de la couche de mucus intestinal — la barrière physique entre la lumière intestinale et la circulation systémique. Élevé chez les individus actifs et les athlètes. Médiatise les avantages métaboliques, notamment l'homéostasie du glucose et la sensibilité à l'insuline. Des niveaux plus élevés sont corrélés à une perméabilité intestinale réduite.
Bifidobacterium longum OLP-01 a été isolé chez un champion olympique d'haltérophilie et formulé en supplément probiotique. Les études montrent qu'il améliore la performance athlétique, la fonction immunitaire et la récupération. Les souches conventionnelles de Bifidobacterium sont une pierre angulaire de l'immunité et de la régularité de l'entraînement chez les athlètes.
Une bactérie clé productrice de butyrate qui alimente les colonocytes (cellules de la muqueuse intestinale), soutient l'intégrité de la barrière et produit des métabolites qui passent dans la circulation systémique où ils modulent l'inflammation et servent de substrats énergétiques pour le tissu musculaire.
Significativement élevé chez les athlètes d'endurance. Associé à une meilleure efficacité du métabolisme des glucides et du stockage du glycogène. Une étude de 2024 a confirmé que la composition du microbiote intestinal est positivement corrélée à la performance sportive chez les coureurs de compétition, l'abondance de Prevotella étant un facteur de différenciation notable.
Cinq voies de l'intestin à la performance
| Voie | Mécanisme | Impact sur la performance | Recherche clé |
|---|---|---|---|
| Métabolisme énergétique | Les AGCC produits par les bactéries intestinales — notamment le propionate et le butyrate — entrent dans la circulation systémique et servent de carburant supplémentaire pour le muscle, le foie et le cœur pendant l'exercice. | Capacité d'endurance améliorée ; fatigue retardée ; meilleure efficacité des substrats à haute intensité. | Voie Veillonella-propionate ; revue des AGCC Frontiers in Microbiology, 2025 |
| Régulation de l'inflammation | Les bactéries productrices d'AGCC et Faecalibacterium prausnitzii suppriment les cytokines pro-inflammatoires (TNF-α, IL-6, IL-1β) et favorisent la signalisation anti-inflammatoire, modulant l'environnement inflammatoire après l'exercice. | Réduction des courbatures (DOMS) ; retour plus rapide à la ligne de base ; baisse de l'inflammation systémique chronique sur les blocs d'entraînement. | Revue multi-omique PMC, Nutrients 2025 ; Frontiers in Physiology, 2025 |
| Fonction immunitaire | Environ 70 % du tissu immunitaire réside dans l'intestin. Le microbiome entraîne directement l'immunité muqueuse, régule la production d'IgA et détermine l'efficacité avec laquelle le corps contient les agents pathogènes introduits lors d'un exercice intense. | Moins de jours d'entraînement perdus à cause de la maladie ; réduction de l'incidence des infections des voies respiratoires supérieures ; maintien de la régularité de l'entraînement. | Revue narrative sur l'intestin de l'athlète PMC, 2025 ; Nami et al., Food Science & Nutrition, 2025 |
| Absorption des nutriments | La composition microbienne intestinale détermine l'efficacité avec laquelle les glucides, protéines, vitamines (B12, K2, folate) et minéraux (fer, calcium, magnésium) alimentaires sont absorbés. Un microbiome compromis réduit le bénéfice de chaque repas consommé par un athlète. | Meilleure utilisation des protéines pour la synthèse musculaire ; disponibilité énergétique optimisée ; réduction des carences en micronutriments. | Revue exploratoire Frontiers Sports 2025 ; méta-analyse des modèles alimentaires, Nutrients 2024 |
| Neuromusculaire et cognitif | Les bactéries intestinales synthétisent ou précèdent la synthèse de GABA, sérotonine, dopamine et d'autres neurotransmetteurs. Via l'axe intestin-cerveau (nerf vague et système nerveux entérique), ces signaux influencent le temps de réaction, la prise de décision, l'humeur, la motivation et l'endurance cognitive. | Concentration améliorée sous fatigue ; meilleure régulation de l'humeur pendant la compétition ; réduction de la fatigue mentale. | Revue systématique PMC intestin-cerveau-exercice ; essai contrôlé randomisé sur les probiotiques, 2025 |
Intestin perméable induit par l'exercice : le coût des charges d'entraînement élevées
Voici le paradoxe au cœur de la santé intestinale de l'athlète : l'entraînement qui développe la performance d'élite stresse et endommage également l'intestin. Un exercice prolongé à haute intensité réduit le flux sanguin vers le tractus intestinal — un processus appelé hypoperfusion splanchnique — car le système cardiovasculaire redirige la circulation vers les muscles sollicités. Cette réduction de l'apport sanguin à l'intestin crée les conditions propices aux dommages intestinaux et à une perméabilité intestinale accrue.
Une revue de 2025 dans Frontiers in Physiology examinant la fonction gastro-intestinale et le microbiote chez les athlètes d'endurance a confirmé qu'un exercice prolongé augmente à la fois les dommages intestinaux et la perméabilité de la barrière intestinale. Lorsque l'intestin devient plus perméable — communément appelé "intestin perméable" (leaky gut) — les bactéries et leurs métabolites inflammatoires (endotoxines) se déplacent de la lumière intestinale vers la circulation systémique, déclenchant une activation immunitaire, une inflammation systémique et des cytokines élevées.
Frontiers in Physiology — Athlètes d'endurance, 2025
L'exercice prolongé augmente les dommages gastro-intestinaux (intestin grêle) et la perméabilité de la barrière intestinale, permettant la translocation de bactéries et de métabolites défavorables dans la circulation systémique. Cela induit une sécrétion de cytokines inflammatoires et anti-inflammatoires systémiques, augmente la température corporelle et aggrave les symptômes gastro-intestinaux subjectifs, y compris la distension gastrique et l'inconfort. Une protéine de liaison aux acides gras intestinaux (I-FABP) élevée — un marqueur indirect des dommages à l'intestin grêle — diminue également la vitesse de digestion et d'absorption des nutriments ingérés.
C'est pourquoi la santé intestinale n'est pas seulement une considération de récupération — c'est un facteur limitant de la performance. Un athlète souffrant d'une perméabilité intestinale chroniquement élevée gère simultanément une inflammation systémique plus élevée, une absorption des nutriments moins efficace, un système immunitaire moins réactif et des symptômes gastro-intestinaux plus importants pendant l'entraînement et la compétition. Chacun de ces facteurs réduit indépendamment la performance. Ensemble, ils se cumulent.
La dimension du stress thermique
L'entraînement dans des conditions de chaleur amplifie considérablement le risque de perméabilité intestinale. Une revue de 2024 dans Microorganisms a confirmé qu'un exercice à haute intensité combiné à une acclimatation à la chaleur favorise les dommages épithéliaux muqueux et le syndrome de l'intestin perméable au-delà des effets de l'exercice seul. Ceci est particulièrement pertinent pour les sports d'été, la compétition dans des climats chauds et les blocs d'entraînement d'acclimatation à la chaleur — contextes où la protection intestinale devrait être intégrée de manière proactive dans la stratégie nutritionnelle.
Les preuves d'intervention sont claires : les acides gras à chaîne courte (particulièrement le butyrate), la supplémentation en glutamine chez les athlètes carencés et les fibres prébiotiques (surtout les galacto-oligosaccharides et les fructo-oligosaccharides) ont chacun montré une capacité à réduire la perméabilité intestinale induite par l'exercice en maintenant l'intégrité de la barrière intestinale. Il ne s'agit pas d'interventions marginales — elles s'attaquent à l'une des sources de perte de performance les plus sous-estimées chez les athlètes ayant une charge d'entraînement élevée.
L'axe intestin-cerveau-performance : concentration, motivation et fatigue mentale
La performance athlétique n'est pas purement physique. Le temps de réaction, la prise de décision sous la fatigue, l'exécution tactique, la gestion de l'anxiété compétitive et la motivation à surmonter l'inconfort sont toutes des variables cognitives et émotionnelles qui déterminent les résultats — et toutes sont partiellement régulées par l'axe intestin-cerveau.
Synthèse des neurotransmetteurs
Les bactéries intestinales produisent ou régulent la sérotonine (dont 95 % est produite dans l'intestin), les précurseurs de la dopamine et le GABA. Ces neurotransmetteurs régulent l'humeur, la motivation, la concentration cognitive et la tolérance à la douleur — autant d'éléments directement liés aux performances en compétition.
Régulation de l'axe HPA
Les métabolites du microbiome intestinal modulent l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien (HPA), le système hormonal de réponse au stress. Un microbiome sain atténue la surréaction du cortisol au stress lié à l'entraînement, tandis qu'une dysbiose l'amplifie. Les recherches montrent que le microbiome des athlètes de haut niveau s'est adapté pour mieux amortir l'activation de l'axe HPA.
Communication vagale
Le nerf vague achemine les signaux générés par l'intestin directement vers le tronc cérébral. Les métabolites microbiens, les marqueurs inflammatoires et les signaux de détection des nutriments sont relayés en continu vers le haut, façonnant ainsi l'humeur, la perception de la fatigue et la préparation cognitive en temps réel pendant l'entraînement et la compétition.
Une revue systématique sur le stress induit par l'exercice, le microbiote intestinal et l'axe cérébral (PMC) a révélé que les micro-organismes intestinaux régulent l'axe HPA par la production d'AGCC et de neurotransmetteurs, notamment le GABA, la dopamine et la sérotonine. Le microbiote agit efficacement comme un organe endocrinien, sécrétant des molécules de signalisation qui régulent la réponse au stress, l'humeur liée à la récupération et l'état motivationnel de l'athlète.
Le microbiote agit comme un organe endocrinien — sécrétant de la sérotonine, de la dopamine et d'autres neurotransmetteurs — et peut contrôler l'axe HPA chez les athlètes. L'intestin n'est pas seulement un organe de récupération. C'est un organe de compétition.
— PMC : Stress induit par l'exercice, axe intestin-microbiote-cerveau et alimentation : une revue systématique pour les athlètesLa performance cognitive et la récupération après une fatigue mentale sont directement liées à la santé intestinale via cet axe. Une étude contrôlée par placebo de 2025 publiée dans Microbiome a révélé que la supplémentation avec un consortium de probiotiques issus d'athlètes de haut niveau améliorait significativement la qualité du sommeil auto-évaluée de 69 %, les niveaux d'énergie de 31 % et la régularité intestinale de 37 % par rapport à un placebo chez une équipe de football professionnelle. La qualité du sommeil et les niveaux d'énergie figurent parmi les variables de performance cognitive les plus immédiates, et le microbiome intestinal est un régulateur direct de ces deux facteurs.
Les probiotiques pour les athlètes : ce que les preuves soutiennent et ce qu'elles ne soutiennent pas
La recherche sur les probiotiques chez les populations sportives s'est considérablement accélérée depuis 2020 et les preuves sont désormais suffisamment précises pour distinguer ce que font les différentes souches — et ce qu'elles ne font pas. La revue narrative de 2025 par Jarrett, Medlin et Morehen dans Nutrients fournit l'un des résumés des preuves les plus actuels disponibles.
Ce qui est bien étayé
Nami et al., Food Science & Nutrition — 2025 (revue des mécanismes probiotiques)
Les probiotiques améliorent les performances d'endurance en réduisant la fatigue, en favorisant la récupération après l'exercice, en améliorant l'absorption des nutriments et l'apport énergétique, ainsi qu'en améliorant la fonction immunitaire et la santé intestinale. La supplémentation en probiotiques pendant l'exercice améliore les performances des athlètes grâce à de multiples mécanismes : renforcement de l'immunité, soulagement des symptômes gastro-intestinaux et amélioration de l'intégrité de la perméabilité intestinale. Des souches spécifiques, dont Lactobacillus plantarum PS128, améliorent à la fois l'endurance anaérobie et aérobie, réduisent la fatigue et atténuent l'inflammation et le stress oxydatif.
Les souches disposant de preuves solides chez les populations sportives comprennent les espèces Lactobacillus et Bifidobacterium pour la fonction immunitaire et la constance de l'entraînement ; Veillonella atypica pour l'endurance et le métabolisme du lactate ; Lactobacillus fermentum E3 et E18 pour la production d'antioxydants ; Bifidobacterium longum OLP-01 (isolée à partir d'un champion olympique) pour les performances dans les sports de force ; et les consortiums multi-souches dérivés d'athlètes pour la qualité du sommeil et la récupération.
Les athlètes et les individus actifs présentent une plus grande abondance d'Akkermansia, de Faecalibacterium, de Veillonella et de Roseburia que les individus sédentaires. La supplémentation avec des souches qui favorisent ces taxons — ou avec des prébiotiques qui les nourrissent — représente l'une des interventions sur le microbiome les plus ciblées actuellement disponibles.
Ce que les preuves ne soutiennent pas encore pleinement
Mises en garde honnêtes
Le nombre d'études axées sur les prébiotiques et les synbiotiques ciblant spécifiquement les populations sportives reste limité. L'ampleur des effets dans les études sur les probiotiques varie considérablement — la spécificité de la souche, le dosage, la durée et la composition de base du microbiome individuel affectent tous les résultats de manière significative. Les affirmations générales selon lesquelles « les probiotiques améliorent les performances » sont trop larges : l'effet dépend de la souche utilisée, de l'athlète et de la condition. Le domaine progresse rapidement, mais la normalisation de l'analyse du microbiome intestinal dans le sport n'en est qu'à ses débuts, comme le souligne un article de 2024 dans Cell Reports Medicine appelant à un consensus méthodologique.
Construire un intestin de performance : le cadre fondé sur des preuves
L'optimisation du microbiome intestinal pour les athlètes ne nécessite pas d'interventions exotiques. La recherche pointe systématiquement vers un ensemble de pratiques fondamentales qui modifient de manière fiable la composition microbienne vers le phénotype athlétique — ainsi que plusieurs ajouts ciblés qui répondent aux vulnérabilités spécifiques des charges d'entraînement élevées.
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01
Prioriser la diversité alimentaire — 30+ espèces végétales par semaine
La diversité microbienne suit la diversité alimentaire. La recherche montre systématiquement que les athlètes consommant une plus grande variété d'aliments végétaux — légumes, fruits, légumineuses, céréales complètes, noix, graines — maintiennent une plus grande richesse microbienne. La référence de 30 espèces végétales par semaine, issue du American Gut Project, a été adoptée comme un objectif pratique pour la diversité. Chaque espèce végétale nourrit des populations microbiennes différentes, élargissant ainsi la gamme fonctionnelle de votre microbiome.
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02
Développer l'apport en fibres prébiotiques — particulièrement autour de l'entraînement
Les prébiotiques sont les fibres fermentescibles qui nourrissent les bactéries productrices d'AGCC. Les galacto-oligosaccharides (GOS), les fructo-oligosaccharides (FOS) et l'amidon résistant sont les plus étudiés pour la protection de la barrière intestinale chez les athlètes. Sources pratiques : avoine, légumineuses, ail, poireaux, bananes, racine de chicorée, et pommes de terre et riz cuits puis refroidis. Un apport constant en prébiotiques est l'intervention en amont qui détermine si les bactéries bénéfiques prospèrent.
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03
Inclure des aliments fermentés quotidiennement
Une étude contrôlée randomisée de Stanford de 2021 publiée dans Cell a révélé qu'un régime riche en aliments fermentés augmentait la diversité du microbiome et réduisait 19 protéines inflammatoires — y compris des marqueurs fortement pertinents pour l'inflammation post-exercice. Le yaourt, le kéfir, le kimchi, la choucroute, le miso et le kombucha introduisent chacun des cultures vivantes qui colonisent et diversifient le microbiome. L'effet est cohérent et reproductible chez les adultes, quel que soit leur parcours d'entraînement.
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04
Envisager une supplémentation ciblée en probiotiques
Pour les athlètes recherchant des résultats spécifiques — réduction des maladies respiratoires supérieures, meilleure récupération, meilleure tolérance gastro-intestinale pendant la compétition — une supplémentation spécifique à la souche bénéficie d'un soutien clinique. Les mélanges multi-souches Lactobacillus/Bifidobacterium sont les plus validés pour les bénéfices immunitaires généraux. Les produits à base de Veillonella atypica (désormais disponibles dans le commerce) représentent la pointe de la supplémentation spécifique à l'endurance. Prévoir une période de supplémentation minimale de 4 semaines pour des effets de colonisation significatifs.
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05
Protéger la perméabilité intestinale lors des blocs de charge d'entraînement élevée
Pendant l'entraînement intensifié — surtout par temps chaud — incluez de manière proactive des aliments favorisant le butyrate (amidon résistant, légumineuses, avoine), envisagez une supplémentation en glutamine si l'apport en protéines alimentaires est insuffisant, et assurez-vous que l'apport en fibres prébiotiques reste constant. Évitez les AINS dans la mesure du possible : des recherches sur des joueurs de volley-ball d'élite (Frontiers, 2025) ont confirmé que l'utilisation d'AINS était associée à des changements mesurables de la stabilité du microbiote intestinal pendant les périodes de compétition.
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06
Traiter le sommeil et le stress comme des interventions intestinales
Le microbiome intestinal se dégrade avec le manque chronique de sommeil et se dérègle avec un stress psychologique soutenu — via le même axe HPA qu'il aide à réguler. Il s'agit d'une relation bidirectionnelle : une mauvaise santé intestinale aggrave la résilience au stress, et un stress chronique aggrave la santé intestinale. Gérer la charge d'entraînement, assurer la qualité du sommeil et surveiller l'humeur comme un signal de santé intestinale ne sont pas des interventions mineures — ce sont des apports directs sur la composition microbienne.
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07
Limiter les aliments ultra-transformés et l'alcool pendant les phases de compétition
Les aliments ultra-transformés — caractérisés par des émulsifiants, des édulcorants artificiels et une faible teneur en fibres — réduisent systématiquement la diversité microbienne et compromettent l'intégrité de la barrière intestinale. L'alcool a des effets perturbateurs aigus et cumulatifs sur la composition du microbiote intestinal. Les deux altèrent l'environnement microbien qui soutient la récupération, l'immunité et la précision métabolique que la compétition de haut niveau exige.
Références scientifiques
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- Carlone J, et al. (2025). The performance gut: a key to optimizing performance in high-level athletes — a systematic scoping review. Frontiers in Sports and Active Living. doi:10.3389/fspor.2025.1641923 Lien
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